良性疾病有
感染：约80%的良性肺结节由感染性肉芽肿所致。
肉芽肿是由巨噬细胞及其演化的细胞局限性浸润和增生所形成的境界清楚的结节状病灶，其本质是炎症；感染性肉芽肿是指由生物病原体（细菌、真菌、寄生虫等）感染引起的肉芽肿。
表现为肺结节的感染大多数不活跃，主要有结核分枝杆菌、鸟型胞内分枝杆菌和真菌感染等，随着时间的推移可变现为钙化灶。还有一些慢性炎症，如肺炎或肺结核等愈合后形成的瘢痕，也可能会以肺结节的形式出现，影像学上可能描述为条索状、斑片状影。
很多感染存在时，我们自己并不能察觉，这也是很多肺结节在体检时才被发现的重要原因之一。
良性肿瘤：以肺错构瘤最多见，约占肺良性结节的10%，通常见于中年人，生长缓慢。不常见的良性肿瘤有纤维瘤、平滑肌瘤、血管瘤、神经纤维瘤、支气管腺瘤、淀粉样瘤和肺泡细胞瘤等。
血管病变：肺梗死、肺静脉曲张、肺挫伤或血肿时，也可以形成肺结节。
其他：肺周旁淋巴结、肺不张及发育性病变（如支气管囊肿）也是良性结节的形成因素。
恶性疾病有
原发性肺癌：常见于肺腺癌、肺鳞癌等非小细胞肺癌；少数见于原发性结外淋巴瘤（包含淋巴组织的生长）和原发性肺肉瘤（由结缔组织组成的肿瘤）。
肺内转移癌：最常见的转移到肺的原发性癌症有结肠癌、乳腺癌、膀胱癌和前列腺癌等，常常表现为多发性肺结节。
类癌：类癌是一种较小且生长缓慢的恶性肿瘤。虽然类癌通常存在于支气管内，但也有约20%的类癌以界限良好的肺结节出现在外周。
