目前基因检测已经成为肺癌治疗不可或缺的检查项目，准确解读报告异常重要。可报告中成堆成串的字母数字专业名词，单个看都认识，合在一起就不认识了。下面以一份真实的肺癌基因检测报告为例，逐段说明报告里各项信息该怎么看。
一、检测概览：先看基本信息是否对得上
报告首页会先列出受检者与样本的基本信息，包括姓名、性别、年龄、患者 ID、诊断信息、临床信息、样本 ID、样本类型、取样手段、取材部位、就诊医院、送检日期与报告日期等。需要注意的是，报告中的诊断信息与临床信息来自受检者送检时提供的信息，而非来自检测结果，检测机构不对以上信息的准确性负责。
图：基因检测报告首页的基本信息栏
本次检测为组织样本，组织检测的准确度高于血液（血浆）样本。如果报告显示样本来源为血浆，解读结论时需要更加谨慎。
接下来是检测内容，即这份报告到底测了多少基因。以燃石 OncoScreen Plus 为例，精选 520 个与癌症机理及靶向治疗密切相关的基因，检测 310 个基因的全外显子区与 210 个基因的热点突变区域，覆盖点突变、扩增及重排（融合）等变异类型。
图：检测内容说明
关于测多少个基因：检测数量多可以获取更多信息，但价格也更昂贵，建议根据经济情况选择，不必一味追求检测数目——实际只有 10 个左右基因有对应的可及靶向药物。
再往下是结果小结，一页就能看到这份报告的核心结论：共检出多少个具有明确或潜在临床意义的变异、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）状态、是否检出胚系致病变异，以及样品总体质量评估。
图：结果小结
二、检测结果：重点看 I 类变异
检测结果部分信息量最大。主要看“I 类变异（具有 A 级或 B 级证据）”，“II 类变异（具有 C 级或 D 级证据）”供参考。
以这份报告为例：样本共检出 8 个具有明确或潜在临床意义的变异，其中 1 个为肺癌高频突变 EGFR 19 外显子缺失突变（19del），突变频率达 23.98%，很大程度上可归为患者的主驱动突变。该突变属 EGFR 致敏突变，提示患者可能对 EGFR-TKI 类靶向药物敏感。
图：I 类变异解读示例（EGFR 19del）
但同时，该患者还检出了一个 PIK3CA 高频错义突变（丰度 56.52%）。多篇文献报道，PIK3CA 突变可能会降低 EGFR-TKI 的疗效。因此需要临床医生结合临床经验与患者具体症状制定个体化治疗方案，综合考虑适用的靶向药物。该患者服用奥希替尼 3 个月后出现病情进展。
II 类变异怎么看
II 类变异即具有 C 级或 D 级证据的变异，可供参考。报告中会逐一列出变异结果、丰度、变异解读以及相关的靶向药物和证据等级。
图：II 类变异解读示例（BAP1 / PIK3CA / LYN / MDM2）
图：II 类变异解读示例（MYC / CDKN2A）
图：II 类变异解读示例（CDKN2B）
几个必须弄清的概念
1. 靶向药证据等级分 A、B、C、D 四级：A 级为 FDA 批准，或来自于专业临床指南；B 级为较大规模的临床研究证实，且取得临床专家共识；C 级为在其他癌种中的 A 级证据、或已作为临床试验的筛选入组标准、或有多个小型研究支持；D 级为临床前研究、或病例报道支持。
2. 变异按临床意义的重要性分为四个等级：I 类变异（具有 A 级或 B 级证据）、II 类变异（具有 C 级或 D 级证据）、III 类变异（尚无相关临床证据）、IV 类变异（已知无临床意义变异，报告未列出）。
3. 突变频率：指检测到的肿瘤突变占所有 DNA 中该基因位点的频率。突变频率越高，表明带有此突变的肿瘤细胞占比越大。
胚系变异：与遗传相关的部分
报告还会给出与遗传性肿瘤相关的结果。有些肿瘤具有一定遗传性，如乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌等，这类患者需要关注是否存在遗传性肿瘤相关的胚系变异。根据 ACMG（美国医学遗传学和基因组学学会）遗传变异注释标准与指南（2015 年版），遗传变异分为已知致病变异、疑似致病变异、临床意义未明变异、疑似良性变异和良性多态性变异五个等级，对应不同的遗传风险。本样本未检出致病或可能致病的胚系变异。
图：胚系变异检测结果
NCCN 指南推荐的 8 个基因
报告会单独汇总 NCCN 指南非小细胞肺癌推荐检测的 8 个基因——ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、RET、ROS1——的变异结果，并说明针对这 8 个基因具体覆盖了哪些检测项目。
图：NCCN 指南推荐的 8 个基因检测结果汇总
免疫治疗相关标志物：TMB 与 MSI
本次检测同时提供了肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）状态提示，有助于临床医生结合临床诊断确定是否进行个体化免疫治疗。
图：免疫治疗相关生物标志物（TMB / MSI）检测结果
TMB（tumor mutation burden）表示基因组上每一百万个碱基发生的体细胞突变个数。既往多项回顾性研究表明，肿瘤基因组突变负荷越高，抗 PD-1/PD-L1 抗体疗效越好。MSI 是指 DNA 序列中简单重复序列的碱基长度和（或）重复次数发生改变，产生遗传不稳定性。本样本为微卫星稳定型（MSS），针对 MSS 实体瘤暂无相应免疫治疗药物推荐。
三、附录：先看样本质控是否合格
附录部分是评估用于检测的样本和下机数据是否合格的参数展示。若不合格，则检测报告不具参考意义。主要参数包括恶性肿瘤细胞占比、DNA 总量、DNA 片段降解程度、预文库总量、平均测序深度、文库多样性、插入片段长度、覆盖均一性、序列回贴比率、碱基质量 Q30 占比、配对样本纯合子一致性等，总体质量评估采取短板效应，分为合格、警戒（风险预警）和不合格三个等级。
图：附录1 样本主要质控数据
四、读懂报告需要先弄清的几个基础概念
真核细胞的基因结构包括编码区与非编码区：编码区上游有启动子，是与 RNA 聚合酶结合的位点；编码区内，外显子是能编码蛋白质的序列，内含子是不能编码蛋白质的序列；非编码区具有调控作用。
图：真核细胞的基因结构
结构基因经转录、加工修饰后形成成熟 mRNA：外显子与内含子先一起转录，再经过加工修饰把内含子部分去掉，最终形成只含外显子序列的 mRNA。
图：外显子、内含子与 mRNA 的转录加工
报告中出现“第几位氨基酸由某某变成某某”的表述时，可以对照遗传密码子表理解：密码子第一位（5' 端）、第二位（中间）、第三位（3' 端）三个碱基共同决定一个氨基酸。
图：遗传密码子表
五、附：报告中的变异命名规则
从起始密码子开始到终止密码子为止，外显子序列的编号是连续的；5' 非翻译区、3' 非翻译区以及内含子区的编码都与外显子序列的编码相关。
“g.”表示基因组序列；“c.”表示 DNA 序列，碱基用大写字母，如 g./c.205A>T。“n.”表示非编码 RNA 序列。“r.”表示 RNA 序列，碱基用小写字母，如 r.205a>u。“p.”表示蛋白质序列，如 p.Trp26Cys，建议以三字母表示（第一个字母大写），不建议用单字母，以免与碱基混淆。
3' 规则：对于突变的所有描述，最靠近参考序列 3' 端的描述优先考虑，适用于基因组、基因、转录本、蛋白的相关突变描述。例如序列 CTAGAGGTC 变异为 CTAGGTC 时，优先描述为缺失后面的 AG，而不是前面的 AG。
常见变异类型：替换（substitution）指一个碱基或氨基酸被另一个替换，用“>”表示碱基替换，如 c.123A>T、p.Trp26Cys（错义突变）、p.Trp26Ter 或 p.Trp26*（无义突变）、p.Cys123=（同义突变）。缺失（deletion）用“del”表示，如 c.2052delA、p.Ala3_Ser5del。插入（insertion）用“ins”表示，如 c.76_77insAGG。缺失-插入用“delins”表示，如 c.112_117delinsTG。重复（duplication）用“dup”表示，如 c.6_8dupT；多份拷贝重复（repeat）表示为 c.123TG[4]。
在码变异（in frame）：一个或多个氨基酸变成另外的一个或多个氨基酸，但其他氨基酸编码不受影响，DNA 单碱基替换或碱基缺失/增加数量为 3 的倍数时可导致在码变异，表述中没有“fs”。移码变异（frame shift）：碱基缺失或增加不是 3 的倍数，造成开放阅读框改变，变异发生处 C 端下游的氨基酸编码都受影响，以“fs”表示，如 p.Arg97ProfsTer23，表示第 97 位 Arg 是首个发生改变的氨基酸，变为 Pro 并发生移码，新的终止密码位于第 23 位。
倒置（inversion）用“inv”表示，如 g.1077_1080inv，指该段序列变为反向互补序列。延伸（extension）用“ext”表示，指变异发生在起始或终止密码子上，导致氨基酸序列变长，如 p.Met1 ext -5。转换用“con”表示，如 NC_000022.10：g.42522624_42522669con42536337_42536382。
内含子变异的表述：替换如 c.36+1G>T（c.36 为前一外显子编码区第 36 位，+1 表示紧随其后的内含子第一个碱基）；缺失如 c.(71+1_72-1)_(154+1_155-1)del（两个外显子之间的序列发生缺失）；插入如 c.37+1_37+2insATC。
